Wspomniany wcześniej Pałac Sztuki nie był jedyną siedzibą Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych, gdyż posiadało ich kilka. Pierwszą siedzibą był Pałac Larischa (ul. Bracka 12 i Plac Wszystkich Świętych 6), odbudowany po pożarze obecny Pałac Biskupi (ul. Franciszkańska 3) oraz część sal w Sukiennicach. Od 1901 roku mieści się we własnej siedzibie nazywanej Pałacem Sztuki przy Placu Szczepańskim 4. Po II Wojnie Światowej przybył jeszcze Salon w Nowej Hucie przy Alei Róż oraz Dworek Jana Matejki w Krzesławicach, gdzie znajduje się Muzeum Pamiątek po Hugonie Kołłątaju i Janie Matejce, poczet Królów Polski. W latach 80. w spadku po profesorze Karolu Estreicherze TPSP otrzymało willę na Woli Justowskiej z zabytkową chałupą, gdzie profesor chciał urządzić Muzeum Zwierzyńca. Ostatecznie znajduje się tam Muzeum Rodu Estreicherów, Strat Kultury i Rewindykacji.
Spośród wszystkich siedzib TPSP tylko Pałac Sztuki został specjalnie wybudowany na potrzeby Towarzystwa. Jest on efektem wieloletnich starań stworzenia nowego obiektu, koniecznego ze względu na dotychczasową ograniczoność miejsca dotychczasowych siedzib. Po rozważeniu licznych koncepcji, Towarzystwo otrzymało w 1897 roku miejsce pod budowę Pałacu na skraju Placu Szczepańskiego w zamian za „Lithuanię” Grottgera.
22 kwietnia 1898 roku sąd konkursowy na czele z Prezesem TPSP Edwardem Raczyńskim wybrał spośród 10 nadesłanych prac projekt opatrzony godłem „Z żywymi naprzód”, młodego i mało znanego jeszcze architekta Franciszka Mączyńskiego. Choć trudny do realizacji, projekt ten spełniał założenia konkursu: „gmach Towarzystwa powinien odznaczać się oryginalnością pomysłu i wnosić coś nowego do fizjonomii miasta”. Budowę Pałacu Sztuki rozpoczęto 26 czerwca 1899 roku, a już 11 maja 1901 roku Prezes Edward Raczyński mógł uroczyście otworzyć Pałac w obecności rektorów, ziemiaństwa, artystów i generalicji. Aktu poświęcenia dokonał ks. kardynał Puzyna. Pierwsza wystawa w nowej siedzibie odbyła się w 1904 roku.
Po 25 marca 1996 r. odrodzony Zarząd Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie, składający się z ludzi ze świata nauki, kultury, sztuki i biznesu, podjął i zrealizował bez subwencji rządowych i samorządowych dzieło uratowania i doprowadzenia do świetności tego pięknego Pałacu. Obiekt nie został jedynie odrestaurowany, również powiększono o 60% powierzchnię wystawową, oddając do użytku w ciągu 3 miesięcy Dolny Pałac Sztuki.
Na wzór krakowskiego TPSP powstały podobne w Poznaniu i Lwowie oraz Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych w Warszawie.
